نام قدیمی شهر قهدريجان در گذشته كدرگان بوده (به لهجه محلی «کدرگون») که به نظر برخی محققان این نام از آن جهت گذاشته شده که مردم قهدریجان اغلب کشاورز بوده اند و
گونههای آنها بر اثر آفتاب كدر شده است و کدرگون هم به معنی کدرگونه است که هنوز هم در گويش عامه افراد مسن در قهدريجان و روستاهاي اطراف اين محل را كدرگان ( کدرگون ) مي خوانند . در مورد نام کنونی قهدريجان دو نظر وجود دارد . يكي اينكه نام قدیمی قهدریجان در اصل به صورت کدرگون و به معنی کدرگونه نیست بلکه به صورت کدرگان بوده و به معني محلي است با خاك تيره و كدر ( اتفاقاً صحرایی با نام قدیمی سیاهه و کنونی زارچان در شمال قهدریجان وجود دارد که در دوره های قدیم سکونتگاه قومی بوده که بعدها بنا بر دلایلی در قهدریجان سکنی گزیده اند . ) و مثل لارگان که گان به جان تبديل شده , در اين لغت يعني كدرگان نيز چنين تغييری صورت گرفته و به صورت كدرجان در آمده و كثرت استعمال در بيان عوام آن را به صورت قدرجان در آورده است و علت استعمال لغت فعلي يعني قهدريجان به واسطه صحيح نوشتن و صحيح گفتن و از حالت عاميانه خارج کردن لغت قدرجان است. نظر دوم بدین شرح است که ظله سلطان که در زمان قاجار حاکم اصفهان بوده است. به جهت شجاعت زياد مردم قهدریجان و علاقه زیادی که به مردم این محل داشته این محل ( کدرگون ) را قدرجان نامیده به این معنا که « من مردم این محل را به قدر جانم دوست دارم » و قدرجان به تدريج تبديل به قهدريجان شده است . که نظر دوم بیشتر نقل می شود و به نظر می رسد بیشتر به واقعیت نزدیک باشد . همچنین گفته می شود در بازسازی بنای مسجد بزرگ قهدریجان که قدیمی ترین مسجد شهر است نیز سنگ نوشته ای یافت شد که از قهدریجان با نام کهدریگان نیز نام برده شده است اما اکنون هیچ اثر یا اطلاعی از آن در دست نیست . قابل ذکر است که قبلا شهر به صورت قلعه ای با چهار دروازه بوده که بعضی نام قهدریجان را با در نظر گرفتن "جان" به عنوان پسوند و "ی" میانوند هم ریشه یا مرتبط با لغت " قلعه " می دانند . البته این نظر تقریبا هیچ مدافعی ندارد !